연말정산은 회사가 법정 기한까지 마무리하는 것이 원칙이지만, 개인 사정으로 제출 기한을 놓치더라도 5월 종합소득세 확정신고나 경정청구를 통해 공제를 받을 수 있는 길이 열려 있습니다. 추가 납부세액이 10만원을 초과하면 근로자가 분납을 신청할 수 있고, 3월 10일까지 지급명세서가 제출되므로 그 전에 회사 내부 일정을 확인하는 것이 중요합니다.
회사가 연말정산을 마쳐야 하는 법정 시점
회사는 원천징수의무자로서 근로소득을 지급하는 때에 소득세를 원천징수해야 합니다. 연말정산 시기는 소득세법 제137조에 따라 다음 연도 2월분 급여를 지급하는 때로 정해져 있습니다. 2월분 급여를 2월 말일까지 지급하지 않는 경우에는 2월 말일에 지급한 것으로 간주하므로, 어떤 회사든 2월 말까지는 연말정산을 완료해야 합니다.
중도퇴사자의 경우에는 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 합니다. 이때 근로자가 소득·세액 공제신고서를 제출하지 못하면 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용한 약식 정산이 이루어집니다. 회사가 정산을 아예 안 해주는 것이 아니라 공제 항목을 최소한으로만 반영하는 것입니다.
원천징수의무자는 실제로 급여를 지급하는 자이므로, 파견근로자의 연말정산은 사용사업주가 아닌 파견사업주가 실시합니다. 파견업체가 바뀌었다면 이는 이직에 해당하므로 새 파견사업주가 전 파견사업주의 급여까지 합산해 정산해야 합니다.
1월부터 3월까지 실제로 움직이는 일정
연말정산 간소화 서비스는 1월 15일에 개통됩니다. 근로자는 이때부터 국세청 홈택스에서 자신의 소득·세액 공제 자료를 조회할 수 있습니다. 간소화자료 일괄제공 서비스를 이용하려면 1월 19일까지 근로자가 확인·동의를 마쳐야 하며, 국세청이 회사에 자료를 제공하는 시점은 1월 21일부터입니다.
회사마다 내부 마감 일정은 다르지만, 법적으로는 2월분 급여 지급 시점까지 연말정산을 완료해야 합니다. 대부분의 회사는 1월 말에서 2월 초 사이에 근로자로부터 소득·세액 공제신고서를 취합합니다. 이후 회사가 계산을 마치고 2월분 급여에서 환급금을 지급하거나 추가 세금을 원천징수합니다.
연말정산이 끝나면 회사는 3월 10일까지 근로소득 지급명세서를 국세청에 제출해야 합니다. 이 기한은 소득세법 제164조에 따른 의무이며, 회사가 지급명세서를 제출해야 국세청이 근로자의 소득을 정확히 파악할 수 있습니다. 제출된 지급명세서는 이후 5월 종합소득세 확정신고나 경정청구를 할 때 기준이 되는 소득 자료이기도 합니다.
기한을 놓쳤을 때 남아 있는 두 갈래
회사에 공제신고서를 제출하지 못했더라도 공제를 포기할 필요는 없습니다. 첫 번째 경로는 5월 1일부터 5월 31일까지 진행되는 종합소득세 확정신고입니다. 근로소득만 있는 근로자라면 회사가 연말정산을 대신 해주는 것이 원칙이지만, 회사 제출 기한을 놓친 항목이 있다면 확정신고 기간에 직접 신고해 공제를 적용받을 수 있습니다.
두 번째 경로는 경정청구입니다. 이미 회사가 연말정산을 완료했고 3월 10일까지 지급명세서도 제출된 상태라면, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 국세기본법 제45조의2에 근거하며, 누락된 공제 항목을 추가로 반영해 세액을 다시 계산해 달라고 관할 세무서에 청구하는 절차입니다.
두 경로를 선택하는 기준은 간단합니다. 5월 확정신고는 회사에서 연말정산 자체가 아예 이루어지지 않았거나, 중도퇴사 후 재취직하지 않아 정산할 회사가 없는 경우에 적합합니다. 경정청구는 회사 연말정산은 정상적으로 끝났지만 특정 공제 항목을 빠뜨렸을 때 유리합니다. 이미 납부한 세액이 있다면 경정청구로 환급을 받을 수 있습니다.
본인이 직접 챙겨야 하는 경우와 회사가 하는 경우
2곳 이상의 회사에서 동시에 근무하는 경우에는 주된 근무지에서 합산해 연말정산을 합니다. 어느 곳을 주된 근무지로 삼을지는 근로자가 정하며, 급여가 많은 쪽을 선택해야 한다는 법정 기준은 없습니다. 다만 과세기간 종료일까지 근무지(변동)신고서를 주된 근무지 회사에 제출하는 것은 의무입니다. 종된 근무지의 근로소득 원천징수영수증을 주된 근무지에 제출하면 회사가 알아서 합산 정산합니다.
같은 해에 이직한 경우에는 새 직장이 전 직장의 근로소득까지 더해 연말정산합니다. 근로자는 전 직장의 근로소득 원천징수영수증을 새 직장에 제출하기만 하면 됩니다. 새 직장이 입사 후 급여만 정산하고 전 직장 소득은 본인이 5월에 따로 신고해야 한다는 설명은 틀렸습니다. 소득세법 제138조와 같은 법 시행령 제197조는 새 근무지의 원천징수의무자가 전 근무지 소득을 합산하도록 명시하고 있습니다.
연말까지 재취직하지 못해 합산 정산할 회사가 없거나, 전 근무지 원천징수영수증을 제때 내지 못해 합산에서 빠진 경우에만 5월 종합소득세 확정신고가 필요합니다. 근로소득 외에 사업소득이나 기타소득 같은 다른 종합소득이 있는 경우에도 확정신고 대상입니다. 이때는 모든 소득을 합산해 직접 신고해야 합니다.
자주 묻는 질문 FAQ
추가 납부세액이 10만원을 넘으면 자동으로 3개월 분납이 되나요?
아닙니다. 분납은 자동으로 적용되지 않으며 근로자가 직접 신청해야 합니다. 근로소득자 소득·세액 공제신고서의 ‘분납신청 여부’ 란에 신청으로 표시해 회사에 제출하면, 회사가 2월분부터 4월분 급여에서 3개월에 걸쳐 나누어 원천징수합니다. 신청하지 않으면 2월분 급여에서 추가 납부세액 전액이 한꺼번에 원천징수되며, 분납을 하더라도 가산세는 붙지 않습니다.
회사에 서류를 늦게 내서 연말정산에서 공제를 못 받았는데 어떻게 해야 하나요?
5월 종합소득세 확정신고 기간에 직접 신고하거나 경정청구를 통해 공제를 적용받을 수 있습니다. 회사 연말정산이 이미 끝났다면 경정청구로 누락된 공제 항목을 반영해 세액을 다시 계산받으면 됩니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 가능하므로, 몇 년이 지난 후에라도 공제 항목을 빠뜨린 사실을 알게 되면 청구할 수 있습니다.
중도퇴사했는데 회사가 연말정산을 안 해줬습니다. 제가 직접 해야 하나요?
회사는 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 할 의무가 있습니다. 다만 이때 소득·세액 공제신고서를 제출하지 못하면 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용된 약식 정산이 이루어집니다. 같은 해에 다른 회사에 재취직했다면 새 직장에 전 직장의 근로소득 원천징수영수증을 제출하면 되고, 재취직하지 않았다면 5월에 종합소득세 확정신고를 하면 됩니다.