인턴이든 수습직원이든 월급에서 세금이 빠져나가는 구조는 정규직과 본질적으로 같다. 그런데 계약 형태와 근로 기간에 따라 원천징수 방식이 달라지고, 퇴직 후 환급 경로도 완전히 갈린다. 3.3% 프리랜서와 근로소득의 차이, 간이세액표 비율 선택, 중도퇴직 후 종합소득세(종소세) 신고까지 수치 중심으로 정리했다.
인턴·수습직원도 근로소득 원천징수 대상인가
결론부터 말하면 그렇다. 회사와 고용계약을 맺고 월 고정 급여를 받는 인턴·수습직원은 근로소득자로 분류된다. 사업주(원천징수의무자)는 매월 급여 지급 시 소득세와 지방소득세(소득세의 10%)를 원천징수해 다음 달 10일까지 국세청에 납부해야 한다.
먼저 확인해야 할 것이 계약 형태다. 계약서에 3.3% 원천징수가 명시돼 있다면 근로소득이 아니라 사업소득(프리랜서) 계약이다. 소득세 3%에 지방소득세 0.3%를 더한 것으로, 연말정산 대상이 아니며 이듬해 5월 종합소득세 신고 대상이 된다. 같은 공간에서 같은 일을 해도 계약서 한 줄로 세금 처리 경로가 완전히 달라진다.
4대보험(건강보험·국민연금·고용보험·산재보험)에 가입돼 있다면 근로소득자로 처리되고 있다는 신호다. 이 경우 근로소득 간이세액표가 적용된다. 반대로 4대보험 미가입에 3.3%가 빠진다면 프리랜서 계약이므로 전혀 다른 방식으로 접근해야 한다.
일용근로자와 일반 근로소득자 – 원천징수 방식이 갈린다
4대보험에 가입된 인턴·수습직원도 근로 형태에 따라 두 유형으로 나뉜다. 일용근로자는 동일 고용주 아래 3개월 미만 동안 근로일·시간을 기준으로 급여를 받는 경우다. 건설현장처럼 하루 단위로 일하는 형태가 대표적이다. 일반 근로소득자는 월 고정 급여를 받고 계속 고용되는 형태로, 대부분의 인턴·수습직원이 이 범주에 해당한다.
세금 구조 차이가 크다. 일용근로자는 일 급여 187,000원 이하라면 원천징수 세액이 0원이며, 초과분에 단일세율 6%를 적용한다. 납부한 세금으로 납세 의무가 종결되는 완납적 분리과세 구조여서 연말정산이 없다. 반면 인턴·수습직원 대부분이 속하는 일반 근로소득자는 누진세율(6~45%)이 적용되는 간이세액표에 따라 매달 세금을 내고, 연말정산 또는 퇴직 후 종소세 신고로 최종 정산한다.
간이세액표 적용과 80%·100%·120% 비율 선택
근로소득 간이세액표는 월 급여 수준과 공제 대상 부양가족 수를 기준으로 매월 원천징수할 세액을 정해둔 표다. 홈택스(hometax.go.kr) → 세금신고 → 원천세 신고 → 근로소득 간이세액표에서 한글·엑셀·PDF 파일로 내려받거나, “나의 월급에서 한 달에 납부하는 세금은?” 조회 서비스로 직접 확인할 수 있다.
핵심은 근로자가 세액 비율을 직접 선택할 수 있다는 점이다. 기본값은 100%이며, 80% 또는 120%로 변경하려면 회사에 ‘소득세 원천징수세액 조정신청서’를 제출하면 된다. 선택한 비율은 해당 과세기간(1~12월) 종료일까지 유지된다.
| 비율 | 매월 납부 세액 | 연말정산 특성 | 선택 기준 |
|---|---|---|---|
| 80% | 기본보다 적게 납부 | 연말 추가 납부 가능성 높음 | 매월 실수령 극대화 희망 시 |
| 100% | 기본값(기본 적용) | 공제 결과에 따라 환급 또는 추납 | 별도 신청 없을 때 자동 적용 |
| 120% | 기본보다 많이 납부 | 연말 환급 가능성 높음 | 연말 환급 선호 시 |
세 비율 중 어느 것을 택해도 최종 납부 세액은 동일하다. 납부 시점만 다를 뿐이다. 예를 들어 월 급여 250만 원, 부양가족 본인 1명 기준으로 간이세액표 100% 세액이 약 38,000원이라면, 80%를 선택하면 매달 30,400원을 납부하고 연말에 차액을 정산하는 구조다.
▲ 단기 인턴·수습처럼 근무 기간이 짧다면 80%를 선택해 매월 실수령을 늘리기보다, 퇴직 후 종소세 신고로 일괄 환급받는 편이 실무적으로 단순하다. 재직 기간이 짧을수록 연간 소득 총액이 낮아 환급 규모가 커지는 경향이 있다.
연말정산 대상 여부와 환급 조건
4대보험에 가입된 인턴·수습직원은 연말정산 대상이다. 재직 중이라면 회사가 매년 1~2월 연말정산을 진행하며, 인적공제·의료비·교육비·신용카드 사용액 등 공제 서류를 제출해 기납부세액과 실제 결정세액을 정산한다. 계약직이든 수습이든 근로소득자이면 처리 방식은 동일하다.
문제는 중도 퇴직한 경우다. 회사는 퇴직월에 간이정산을 실시하고 원천징수영수증을 발급하지만, 각종 소득·세액공제가 충분히 반영되지 않아 실제 내야 할 세금보다 많이 납부한 상태가 된다. 이 차액은 이듬해 5월 종합소득세 신고를 통해서만 돌려받을 수 있다. 회사가 자동으로 처리해 주지 않는다.
인턴 기간이 짧고 연간 소득이 낮을수록 기본공제(본인 1인 150만 원)만 적용해도 결정세액이 0원이 되는 경우가 많다. 이 경우 원천징수된 세금 전액이 환급 대상이 된다.
퇴직 후 종합소득세 신고로 환급받는 절차
중도 퇴직한 인턴·수습직원이 환급받으려면 이듬해 5월 1~31일 홈택스에 접속해 직접 종합소득세를 신고해야 한다. 중도퇴직자의 연말정산은 회사가 대신 처리해 주지 않는다는 점을 기억해야 한다.
가장 먼저 챙겨야 할 서류는 퇴직한 회사에서 발급받은 근로소득 원천징수영수증이다. 총 급여, 기납부세액, 주요 공제 항목이 담긴 이 서류가 환급 계산의 기준이 된다. 회사가 발급을 거부하거나 폐업한 경우, 홈택스 – 나의 홈택스 – 소득·연말정산 – 지급명세서 조회에서 직접 확인할 수 있다.
- 홈택스 로그인 후 [신고/납부] → [종합소득세] 선택
- 근로소득 자료 불러오기 또는 원천징수영수증 기준으로 직접 입력
- 인적공제(본인 150만 원 등), 국민연금·건강보험료 자동 반영 항목 확인
- 의료비·교육비·기부금 등 추가 공제 항목 직접 입력
- 환급 계좌 등록 후 신고 완료 – 본인 명의 계좌여야 함
5월 31일 이후에도 기한 후 신고가 가능하다. 환급금이 발생하는 경우라면 신고 지연에 따른 불이익은 없지만, 추가 납부 세액이 있다면 가산세가 붙으므로 기한 내 신고가 원칙이다. 환급금은 신고 완료 후 30일 이내에 등록된 계좌로 입금된다.
자주 묻는 질문 FAQ
인턴 급여에서 3.3%가 공제됐는데 연말정산을 해야 하나요?
3.3%가 공제됐다면 사업소득(프리랜서) 계약으로 처리된 것이다. 연말정산 대상이 아니며, 이듬해 5월 홈택스에서 사업소득으로 종합소득세를 신고해야 한다. 연 소득이 낮고 별도 필요경비가 없더라도 표준경비율 적용으로 일부 환급이 발생하는 경우가 많으니 신고를 건너뛰지 않는 것이 유리하다.
3개월 수습 후 퇴직했는데 환급은 어떻게 받나요?
4대보험에 가입된 근로소득자였다면 이듬해 5월 홈택스에서 종합소득세를 신고하면 된다. 3개월치 급여가 연간 총소득이 되므로, 기본공제(본인 150만 원)와 국민연금·건강보험료 공제를 적용하면 대부분 납부 세액이 크게 줄거나 0원이 된다. 기납부 세액 전부 또는 대부분이 환급 대상이 된다. 퇴직 전에 원천징수영수증을 받아두는 것이 우선이다.
회사가 원천징수한 세금을 국세청에 납부하지 않으면 근로자도 불이익을 받나요?
원천징수 납부 의무는 사업주에게 있다. 직원 급여에서 세금을 공제하고 납부하지 않으면 가산세와 함께 납부 책임이 사업주에게 귀속된다. 근로자는 원천징수영수증을 보관하고 홈택스에서 지급명세서 제출 여부를 확인하면 된다. 미제출 사실이 확인되면 국세청에 신고·제보할 수 있다. 지급명세서가 없더라도 근로자 본인은 종소세 신고를 통해 환급을 청구할 수 있다.
본 정보는 일반적 안내이며, 개별 사안은 세무서·세무사 상담을 권장합니다.